رساند . مير فتح اللّه در حدود سال 991 ه ق با شيخ فيضى ملاقات كرد . فيضى بعد از برگشتن از دكن ، دربارهء او با اكبر شاه به مذاكره پرداخت . اكبر شاه به حاكم بيجاپور نامه نوشت كه او را به حضور بخواند . مير فتح اللّه در سال 991 ه ق به فتح‌پور سيكرى آمد . پادشاه ، خان خانان و حكيم ابو الفتح را به استقبال وى فرستاد ، به محض ورود به دربار ، پادشاه با القاب امين الملك ، عضد الدوله ، عضد الملك و منصب سه‌هزارى يا صدارت وى را سرفراز كرد و زمين و ملك داد . سپس دختر مظفر خان تربتى را به عقد خويش درآورد . مردم به هنگام جشن نوروزى به تزيين سردر منازل خود و ايجاد طاق نصرت پرداخته بودند . اكبر شاه بازديد كرد و از طاق نصرت فتح اللّه شيرازى بسيار خوشش آمد و در شگفت شد . شاه علاوه بر زيبايى اين ايوان ، آثارى از قبيل آلات علم ، هيئت ، اسطرلاب ، ماشين آلات عجيب و غريب جرّاثقال ، نقشه‌هاى نظامى فلكى ، سيارات متحرك و تحقيقات جديد را مشاهده كرد و به قدر و اهميت مير پى برد . اكبر شاه او را در جرگهء مصاحبان معتمد و مقرب خود داخل كرد ، چرا كه وى در اصلاحات قوانين مالى و ديوانى و ترتيب و تنظيم تقويم جديد استاد بود . وى در سال 994 ه ق همراه با خان اعظم به دكن و گجرات رفت و پس از اينكه ازآنجا بازگشت اكبر شاه او را همراه خود به كشمير برد . در همين سفر بود كه بيمار شد و سرانجام در 3 شوال 997 ه ق درگذشت و در منطقهء كوه سليمان به خاك سپرده شد . مادّهء تاريخ وفات او جملهء « فرشته بود » مىباشد . اكبر شاه به مناسبت وفات او گفت : « مير فتح اللّه وكيل ، حكيم ، طبيب و منجم ما بود . اگر اين شخص در دست انگليسيها مىافتاد و براى حصول او كل خزانه را تقاضا مىكردند ، بازهم ارزان بود » . مير فتح اللّه در امور مذهبى فردى راسخ و عالمى شجاع بود . وى مانند ساير امراى شيعه هرگز با ترس زندگى نكرد . افكار و نظرات خود را مخفى نمىداشت و در دربار شاهى در حضور همه با دست باز نماز مىخواند . وى به تدريس علاقه‌مند بود . طلاب هميشه در درس وى حاضر بودند و با امرا و بزرگان و شاهزادگان با احتياط ملاقات مىكرد . حكيم ابو الفتح عنوان « اعلم العلماء و احكم الحكماء » به او داده بود . بداينى از علم ، عمل ، دين و ديانت وى تعريف مىكرد و فيض دربارهء او گفته است : بر او دانشورى شد ختم ، نازم بر خداوندى * كه در يك ذات پنهان كرد عالم عالم دانش